保亭黎族苗族自治县教育局是主管全县教育事业和语言文字工作的县政府工作部门，为正科级。是根据《中共海南省委办公厅、海南省人民政府办公厅关于印发〈保亭黎族苗族自治县机构改革方案〉的通知》(琼办发〔2019〕31号)和《中共保亭黎族苗族自治县委办公室、保亭黎族苗族自治县人民政府办公室关于印发〈保亭黎族苗族自治县机构改革实施方案〉的通知》(保委办〔2019〕14号)，县教育局加挂保亭黎族苗族自治县人民政府教育督导室牌子，承担县人民政府教育督导室的具体工作。中共保亭黎族苗族自治县委教育工作领导小组秘书组设在县教育局，接受中共保亭黎族苗族自治县委教育工作领导小组的直接领导，承担县委教育工作领导小组日常事务。县教育局的内设机构根据工作需要承担县委教育工作领导小组秘书组相关工作，接受其统筹领导。
